科學院上海應用物理研究所籌建于1958年10月，1959年8月正式成立，時稱科學院上海原子核研究所，2003年6月經(jīng)批準定為現(xiàn)名?？茖W院上海應用物理研究所以光子科學、核科學技術及相關交叉學科研究為主，同時推進科研成果產(chǎn)業(yè)化。

截至2014年底，科學院上海應用物理研究所有兩大園區(qū)，分別坐落于上海市科技衛(wèi)星城嘉定區(qū)和浦東張江高科技園區(qū)，占地面積共約700畝；研究所共有在職職工1162人，其中科技人員1005人；有科學中心1個，科學院重點實驗室（中心或研究院）4個，上海市重點實驗室1個；共有在學研究生402人，其中碩士生195人，博士生207人。